1987年7月1日，新疆维吾尔自治区新闻出版局正式办公。同年9 月 3日，新疆维吾尔自治区人民政府正式下文新政发(1987)91号《关于设立新疆维吾尔自治区新闻出版局的通知》。通知说：“根据中共中央《关于坚决、妥善地做好报纸刊物整顿工作的通知》和国务院《关于成立新闻出版署的通知》，为了加强自治区新闻、出版、印刷、图书发行等工作的统一管理和监督检查，自治区党委、自治区人民政府决定设立新疆维吾尔自治区新闻出版局，列为自治区人民政府的直属厅局级职能机构。”

    “新疆维吾尔自治区新闻出版局的任务是：负责对全疆新闻出版事业实行行业管理。其主要职责是：①监督自治区各级新闻出版单位认真执行国家的新闻出版法律、法规，进行新闻检查；②结合自治区的情况，草拟有关新闻出版工作的地方性法规和规章制度，经审定后组织实施；③制定并组织实施自治区新闻出版事业发展规划，对申请建立图书出版社，创办报纸和期刊进行审批；④会同有关部门管理图书、报纸、期刊市场，取缔非法出版活动；⑤管理图书报刊的印刷和物资供应，管理图书发行；⑥归口管理全疆有关新闻出版方面的对外交流、贸易和合作事宜。”   

    “自治区新闻出版局定行政编制60名，其中由自治区党委宣传部划拨5名，由自治区文化厅划拨30名(连经费一起划拔)，另由自治区编委增拨25名。内部机构设：办公室、政治处、计财处、新闻处、出版发行处、版权处、印刷管理处。所需工作人员，首先应从原自治区出版局的工作人员中选调，不足部分，再从区级各行政事业单位，以及经过基层锻炼的大中专毕业生、军队转业干部中补充，严禁从地州县和企业单位调进人员。

    “有关新闻出版局的经费，由财政厅核定，办公室由政府机关事务管理局协助落实。”

    1988年，根据中共中央、国务院办公厅《关于压缩整顿报刊和出版社的通知》精神，按照新闻出版署的统一部署，对全区的报刊和出版社进行了压缩整顿。停办了《天山》、《艺海奇观》、《西域艺苑》、《丝路》和《卫士》等5种有严重问题的汉文期刊；同时，也停办了《中国西部开发报》、《新疆信息报》和《新疆经济导报》等3种性质雷同、内容重复的汉文报纸，由自治区政府主办了《新疆经济报》。撤销了3个未经注册登记的编辑室(部)和4个经过注册登记的分社(编辑部)。将新疆人民出版社的美术编辑部并入新疆摄影艺术出版社，改名为新疆美术摄影出版社；将科普出版社新疆维哈分社、新疆人民出版社科技编辑室并入新疆人民卫生出版社，改名为新疆科技卫生出版社。经过压缩和整顿，出版社保留了9家。分别是：新疆人民出版社、新疆教育出版社、新疆青少年出版社、新疆大学出版社、喀什维吾尔文出版社、伊犁人民出版社、克孜勒苏柯尔克孜文出版社、新疆科技卫生出版社和新疆美术摄影出版社。  

    1989年底，根据新闻出版署和国家工商行政管理局下发的《关于加强集体、个体、私营书店(摊)管理的暂行规定》，结合新疆实际，对集体、个体、私营书店(摊)进行了全面整顿，重新审核登记。整顿登记工作于1990年11月结束。经过整顿和登记，对合格的23家经营二级批发业务的全民所有制和集体所有制书店发了书刊经营许可证。分别是：全民所有制企业有：乌鲁木齐市新华书店批发书店、新疆外文书店批发部、新疆西域图书公司、人民交通出版社新疆发行站、新疆广播电视报发行站、新疆经济报读者服务部、民族出版社新疆工作站、新疆标准化书店、新疆青少年文化服务部、新疆标准情报技术开发咨询服务部、新疆纺织图书发行站、中国劳动出版社新疆代理发行站、新疆日报读者服务部、新疆教育学院图书馆书屋、新疆美术摄影书店、新疆教育图书报刊发行中心、乌鲁木齐绿洲文化服务部。集体所有制企业有：乌鲁木齐科技书店、北京世界军事杂志社乌鲁木齐书刊发行部、文学报新疆读者服务部、新疆诗词学会百草图书社、新疆艺术书刊发行社、乌鲁木齐市文联天山书刊发行部。

    1990年6月9日，根据中宣部和新闻出版署[1990]4号文件《关于对报(刊)社记者站进行清理整顿和重新登记的通知》，对63家中央级各报刊社和跨省区的报纸记者站进行了清理整顿和重新登记工作。在清理整顿记者站的过程中，发现记者站存在以下问题：

    (1)部分记者站缺少建站的审批手续。

    (2)部分报刊社未派专职记者，也不拨经费，记者站占的是地方编制，用的是地方经费。这63家记者站中除23家是报刊社编制和经费外，其余的记者站全部占用的是地方编制和经费。

    (3)个别记者站不务正业，挂着记者站的牌子，搞商业性经营活动，他们靠拉广告、搞赞助来负担站里招聘人员的工资。《中国村镇百业信息报》、《海南开发报》、《中国合作经济报》等记者站都有这方面的问题。

    (4)有一些记者站除在乌鲁木齐建站外，还在新疆其他地方建有分站，如《海南开发报》伊犁分站、《中国消费报》石河子记者站、《西北信息导报》昌吉、石河子、米泉和呼图壁分站。

    在清理整顿和重新登记记者站的过程中，根据中宣部和新闻出版署(1990)4号文件精神，重新登记的记者站必须坚持下列条件：

    (1)记者站必须有专职记者；

    (2)专职记者要有国家和自治区编委下达的指标(含报社直接派出的驻站记者)；

    (3)要有经费来源保证；

    (4)持全国统一刊号的报纸；

    (5)同一报纸，原则上只能在新疆建一个记者站(经新闻出版署特许的《中国石油报》例外)。

    根据以上条件，自治区新闻出版局对24个记者站进行了重新登记，其余的记者站因不具备建站条件，不予重新登记。重新登记的报社驻新疆记者站是：《人民日报》、《中央人民广播电台》、《光明日报》、《中国青年报》、《法制日报》、《经济日报》、《人民铁道报》、《人民邮电报》、《中国气象报》、《中国科学报》、《中国有色金属报》、《中国交通报》、《工人日报》、《科技日报》、《中国地震报》、《中国地质矿产报》、《经济信息报》、《中国农业报》、

    《金融时报》、《中国石油报》新疆记者站、《中国石油报》驻新疆克拉玛依记者站、《中国石油报》驻塔里木记者站、《中国电力报》、《中国商业报》等驻疆记者站。